С момента образования именовался Красногвардейским районным народным судом г.Москвы.
В 1994 году в связи с районированием и переименованием Красногвардейского района в Нагатинский район стал называться Нагатинским межмуниципальным (районным) народным судом г. Москвы.

В 2003 году, согласно Федеральному закону №88-ФЗ (ред. от 07.02.2011)  «О создании и об упразднении районных судов города Москвы и о внесении изменений в статью 21 Закона РСФСР «О судоустройстве РСФСР», а также в соответствии со статьей 17 Федерального конституционного закона от 31 декабря 1996 года N 1-ФКЗ «О судебной системе Российской Федерации» был создан Нагатинский районный суд г. Москвы.

Юрисдикция вновь созданного суда распространилась на территории районов Бирюлево Восточное, Братеево, Зябликово, Москворечье-Сабурово, Орехово-Борисово Северное, Орехово-Борисово Южное и Царицыно.
В настоящее время Нагатинский районный суд располагается в Южном административном округе по адресу: Каширский проезд, д.3.